El primero de septiembre de 1932, tropas peruanas invadieron territorios fronterizos del sur del país violando la soberanía nacional establecida por el Tratado de Límites y Navegación Salomón-Lozano suscrito entre los dos Estados el 24 de marzo de 1922.
Para la época, la Fuerza Aérea Colombiana contaba con 16 aviones: tres Fledgling J-2 de entrenamiento, ocho Wild X de observación y ataque, cuatro Osprey C-14 de entrenamiento y un Falcon 0-1 de combate que volaban desde la única Base Aérea con que se contaba, la de Madrid, sede de la Escuela Militar de Aviación. Por el contrario, “La aviación peruana estaba mejor dispuesta y contaba con muchos más pilotos y aviones que la colombiana. Poseía Bases Aéreas organizadas en el nororiente de su territorio ubicadas en Puca, Barranca y Pantoja, sobre el río Napo, en Itaya, cerca de Iquitos y en la misma Leticia recién ocupada; disponía de dos escuadrones de entrenamiento, uno de reconocimiento, uno de enlace, uno de transporte, uno aeronaval y seis de combate; éstos formaban entonces la aviación militar enemiga con más de dieciocho tipos de aviones diferentes.”
Mientras se esperaba la llegada al país del material volante que se había adquirido en Estados Unidos y en Alemania, se desplazaron a la zona del conflicto dos Junkers F-13, dos W-34, dos Ju-52, dos Dornier Wal Do-J y un Merkur Do-K, los cuales fueron provistos por SCADTA con sus tripulaciones de pilotos y mecánicos, en su mayoría de origen alemán. Al poco tiempo llegaron otros Junkers incluyendo tres K-43, dos Dornier de Alemania, 30 Hawk II F-11, dos Commodore P2Y-1 y 22 Falcon F-8 de Estados Unidos.
Por otra parte, el gobierno nacional debía asumir el problema de la falta de personal y de Bases estratégicamente ubicadas. Fue necesario crear Bases Auxiliares que sirvieran a estos propósitos, siendo la primera de ellas la de Flandes, seguida por la de Caucayá sobre el río Putumayo, donde estaba concentrado el grueso de las tropas colombianas; otra a orillas del río Igaraparaná, cerca del actual Puerto Arica; otra en el río Caquetá, aguas arriba de la colonización militar de la Tagua y una muy cerca de Curiplaya, denominada por el gobierno nacional como Puerto Boy, en homenaje a su gestor el Coronel Herbert Boy.
Hubo otras de menor importancia estratégica en Potosí a orillas del río Orteguaza y las Bases Anfibias del Atlántico en Cartagena, y del Pacífico cerca de Buenaventura, las cuales fueron desactivadas en 1936 y 1949 respectivamente. Las principales acciones se realizaron entre enero y mayo de 1933 en Puerto Arturo, Tarapacá, Buenos Aires, Güepí, Puerto Calderón y río Algodón. Fue así como el 29 de enero de 1933 en Puerto Arturo, tropas colombianas conquistaron territorios en la margen derecha del río Putumayo, territorio peruano. El 14 de febrero la aviación militar nacional logró recuperar Tarapacá, frontera con Brasil, que días antes había caído bajo dominio de tropas peruanas. También fue recuperado Buenos Aires, margen derecha del río Cotuhé, en operaciones realizadas el 18 de marzo.
Sin embargo, la acción más importante se llevó a cabo en Güepí, guarnición peruana sobre la orilla derecha del río Putumayo, el 26 de marzo de 1933. La Fuerza Aérea hizo presencia en la zona con 11 aviones de ataque, seis Hawk II F-11, tres Wild X y dos Osprey C-14 de caza y bombardeo. “El combate fue muy duro; nuestra aviación por espacio de ocho horas consecutivas estuvo hostigando y ablandando las posiciones enemigas, para que las fuerzas terrestres y fluviales pudieran cruzar el río y ocuparlas. Al final de la tarde, el ejército peruano se tuvo que retirar dejando abandonados tras de sí prisioneros, heridos, muertos, armas y municiones, material de guerra y varios aviones de guerra, que ya habían sido inutilizados.”
El 16 de abril del mismo año, se registró otro enfrentamiento en la margen izquierda del río Putumayo, en Puerto Calderón. El último enfrentamiento tuvo como escenario el río Algodón, lugar en el cual fue derribado y capturado un avión de combate peruano, un Douglas 0-38. El avión fue trasladado a Puerto Boy en enero de 1934 y devuelto al gobierno peruano a mediados de ese mismo año.
Una vez resuelto el conflicto con el Perú, cuyas acciones militares se suspendieron el 25 de mayo de 1933, la aviación nacional poseía 42 pilotos, 35 mecánicos, 60 modernos aviones, además de la Base Aérea de Palanquero en Puerto Salgar, Cundinamarca; las Bases Auxiliares de Tres Esquinas, Puerto Boy, Caucayá, Flandes, Puerto Arica y Potosí y, en proceso de desarrollo, la Base Aérea de “El Guabito” en Cali, Valle del Cauca, a donde en septiembre sería trasladada la Escuela Militar de Aviación, desde Madrid, cundinamarca. Las Bases Auxiliares, que se habían creado durante el conflicto para prestar apoyo a las Fuerzas, se desactivaron y se concentraron en la nueva Base Aérea de Tres Esquinas, Caquetá, actualmente Base Aérea “Ernesto Esguerra Cubides”, sede del Comando Aéreo de Combate No. 6.
Durante los nueve meses del enfrentamiento armado, la aviación militar colombiana perdió cuatro pilotos y cuatro mecánicos, tres colombianos y un alemán en cada caso, en accidentes aéreos pero ninguno en combate; y cuatro aviones: un Falcon O-1, un Osprey C-14, un Junkers F-13 y un Hawk II F-11
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